Die Schulkommission ist das oberste Organ der Schule. Ihr obliegt die Aufsichtspflicht über den Betrieb und die Führung der Kantonsschule Im Lee. Die Schulkommission ist zuständig für die unbefristete Anstellung von Lehrpersonen und ist befugt, Schülerinnen bzw. Schüler aus disziplinarischen Gründen von der Schule weg zu weisen. Zudem erwahrt sie die Ergebnisse der Maturitätsprüfungen.
Die Schulleitung und ein Lehrervertreter nehmen mit beratender Stimme an den Sitzungen der Schulkommission teil.